Mathematical model transcription of the operon: thiD
Generated  states: 15
Blocked states: 0
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variables:
1	AmpR	;	0	0	activator
2	AmpR	;	0	0	activator
3	AmpR	;	0	0	activator
4	AmpR	;	0	0	activator
parameters: 64
V_0	;	Initial rate
a_basal	;	Basal activity
k_1	;	AmpR activity
k_2	;	AmpR activity
k_3	;	AmpR activity
k_4	;	AmpR activity
n_11	;	 AmpR(#1)  Hill parameter
level_1	;	 AmpR(#1) rate activity parameter
n_1h1	;	 AmpR(#1)  Hill parameter
n_2h1	;	 AmpR(#1) AmpR(#2)  Hill parameter
w12	;	 cooperation parameter
level_12	;	 AmpR(#1) AmpR(#2)  activity parameter
n_1h2	;	 AmpR(#1)  Hill parameter
n_2h2	;	 AmpR(#1) AmpR(#2)  Hill parameter
n_3h1	;	 AmpR(#1) AmpR(#2) AmpR(#3)  Hill parameter
w123	;	 cooperation parameter
level_123	;	 AmpR(#1) AmpR(#2) AmpR(#3)  activity parameter
n_1h3	;	 AmpR(#1)  Hill parameter
n_2h3	;	 AmpR(#1) AmpR(#2)  Hill parameter
n_3h2	;	 AmpR(#1) AmpR(#2) AmpR(#3)  Hill parameter
n_4h1	;	 AmpR(#1) AmpR(#2) AmpR(#3) AmpR(#4)  Hill parameter
w1234	;	 cooperation parameter
level_1234	;	 AmpR(#1) AmpR(#2) AmpR(#3) AmpR(#4)  activity parameter
n_1h4	;	 AmpR(#1)  Hill parameter
n_2h4	;	 AmpR(#1) AmpR(#2)  Hill parameter
n_4h2	;	 AmpR(#1) AmpR(#2) AmpR(#4)  Hill parameter
w124	;	 cooperation parameter
level_124	;	 AmpR(#1) AmpR(#2) AmpR(#4)  activity parameter
n_1h5	;	 AmpR(#1)  Hill parameter
n_3h3	;	 AmpR(#1) AmpR(#3)  Hill parameter
w13	;	 cooperation parameter
level_13	;	 AmpR(#1) AmpR(#3)  activity parameter
n_1h6	;	 AmpR(#1)  Hill parameter
n_3h4	;	 AmpR(#1) AmpR(#3)  Hill parameter
n_4h3	;	 AmpR(#1) AmpR(#3) AmpR(#4)  Hill parameter
w134	;	 cooperation parameter
level_134	;	 AmpR(#1) AmpR(#3) AmpR(#4)  activity parameter
n_1h7	;	 AmpR(#1)  Hill parameter
n_4h4	;	 AmpR(#1) AmpR(#4)  Hill parameter
w14	;	 cooperation parameter
level_14	;	 AmpR(#1) AmpR(#4)  activity parameter
n_21	;	 AmpR(#2)  Hill parameter
level_2	;	 AmpR(#2) rate activity parameter
n_2h5	;	 AmpR(#2)  Hill parameter
n_3h5	;	 AmpR(#2) AmpR(#3)  Hill parameter
w23	;	 cooperation parameter
level_23	;	 AmpR(#2) AmpR(#3)  activity parameter
n_2h6	;	 AmpR(#2)  Hill parameter
n_3h6	;	 AmpR(#2) AmpR(#3)  Hill parameter
n_4h5	;	 AmpR(#2) AmpR(#3) AmpR(#4)  Hill parameter
w234	;	 cooperation parameter
level_234	;	 AmpR(#2) AmpR(#3) AmpR(#4)  activity parameter
n_2h7	;	 AmpR(#2)  Hill parameter
n_4h6	;	 AmpR(#2) AmpR(#4)  Hill parameter
w24	;	 cooperation parameter
level_24	;	 AmpR(#2) AmpR(#4)  activity parameter
n_31	;	 AmpR(#3)  Hill parameter
level_3	;	 AmpR(#3) rate activity parameter
n_3h7	;	 AmpR(#3)  Hill parameter
n_4h7	;	 AmpR(#3) AmpR(#4)  Hill parameter
w34	;	 cooperation parameter
level_34	;	 AmpR(#3) AmpR(#4)  activity parameter
n_41	;	 AmpR(#4)  Hill parameter
level_4	;	 AmpR(#4) rate activity parameter

Numerator = a_basal+(level_1*((AmpR/k_1)^n_11))+(level_12*w12*((AmpR/k_1)^n_1h1)*((AmpR/k_2)^n_2h1))+(level_123*w123*((AmpR/k_1)^n_1h2)*((AmpR/k_2)^n_2h2)*((AmpR/k_3)^n_3h1))+(level_1234*w1234*((AmpR/k_1)^n_1h3)*((AmpR/k_2)^n_2h3)*((AmpR/k_3)^n_3h2)*((AmpR/k_4)^n_4h1))+(level_124*w124*((AmpR/k_1)^n_1h4)*((AmpR/k_2)^n_2h4)*((AmpR/k_4)^n_4h2))+(level_13*w13*((AmpR/k_1)^n_1h5)*((AmpR/k_3)^n_3h3))+(level_134*w134*((AmpR/k_1)^n_1h6)*((AmpR/k_3)^n_3h4)*((AmpR/k_4)^n_4h3))+(level_14*w14*((AmpR/k_1)^n_1h7)*((AmpR/k_4)^n_4h4))+(level_2*((AmpR/k_2)^n_21))+(level_23*w23*((AmpR/k_2)^n_2h5)*((AmpR/k_3)^n_3h5))+(level_234*w234*((AmpR/k_2)^n_2h6)*((AmpR/k_3)^n_3h6)*((AmpR/k_4)^n_4h5))+(level_24*w24*((AmpR/k_2)^n_2h7)*((AmpR/k_4)^n_4h6))+(level_3*((AmpR/k_3)^n_31))+(level_34*w34*((AmpR/k_3)^n_3h7)*((AmpR/k_4)^n_4h7))+(level_4*((AmpR/k_4)^n_41))
Denominator = 1+((AmpR/k_1)^n_11)+(w12*(AmpR/k_1)^n_1h1*(AmpR/k_2)^n_2h1)+(w123*(AmpR/k_1)^n_1h2*(AmpR/k_2)^n_2h2*(AmpR/k_3)^n_3h1)+(w1234*(AmpR/k_1)^n_1h3*(AmpR/k_2)^n_2h3*(AmpR/k_3)^n_3h2*(AmpR/k_4)^n_4h1)+(w124*(AmpR/k_1)^n_1h4*(AmpR/k_2)^n_2h4*(AmpR/k_4)^n_4h2)+(w13*(AmpR/k_1)^n_1h5*(AmpR/k_3)^n_3h3)+(w134*(AmpR/k_1)^n_1h6*(AmpR/k_3)^n_3h4*(AmpR/k_4)^n_4h3)+(w14*(AmpR/k_1)^n_1h7*(AmpR/k_4)^n_4h4)+((AmpR/k_2)^n_21)+(w23*(AmpR/k_2)^n_2h5*(AmpR/k_3)^n_3h5)+(w234*(AmpR/k_2)^n_2h6*(AmpR/k_3)^n_3h6*(AmpR/k_4)^n_4h5)+(w24*(AmpR/k_2)^n_2h7*(AmpR/k_4)^n_4h6)+((AmpR/k_3)^n_31)+(w34*(AmpR/k_3)^n_3h7*(AmpR/k_4)^n_4h7)+((AmpR/k_4)^n_41)
f = V_0*Numerator/Denominator
